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Text File  |  1995-03-04  |  1.9 KB  |  43 lines
  1. **************************************************
  2. * 'Homeobox' antennapedia-type protein signature *
  3. **************************************************
  4.  
  5. The homeotic  Hox  proteins  are sequence-specific transcription factors. They
  6. are part  of  a  developmental  regulatory  system  that  provides  cells with
  7. specific  positional identities on the anterior-posterior (A-P) axis [1].  The
  8. hox proteins  contain  a  'homeobox'  domain. In Drosophila and other insects,
  9. there are eight different Hox genes  that  are  encoded in two gene complexes,
  10. ANT-C and BX-C. In vertebrates there are 38 genes organized in four complexes.
  11.  
  12. In six of the eight Drosophila Hox genes the homeobox domain is highly similar
  13. and a  conserved hexapeptide  is found five to sixteen amino acids upstream of
  14. the homeobox domain. The six Drosophila proteins that belong to this group are
  15. antennapedia (Antp),  abdominal-A (abdA),  deformed (Dfd), proboscipedia (pb),
  16. sex combs reduced (scr)  and ultrabithorax (ubx) and are collectively known as
  17. the 'antennapedia' subfamily.
  18.  
  19. In vertebrates  the  corresponding  Hox genes are known [2] as Hox-A2, A3, A4,
  20. A5, A6,  A7,  Hox-B1,  B2, B3, B4, B5, B6, B7, B8, Hox-C4, C5, C6, C8, Hox-D1,
  21. D3, D4 and D8.
  22.  
  23. Caenorhabditis elegans lin-39 and mab-5 are also members of the 'antennapedia'
  24. subfamily.
  25.  
  26. As a signature pattern  for this subfamily of  homeobox proteins, we have used
  27. the conserved hexapeptide.
  28.  
  29. -Consensus pattern: [LIVMFE]-[FY]-P-W-M-[KRQTA]
  30. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  31.  for Drosophila abdA and lab, Hox-B1 and Hox-D1.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Drosophila serine protease easter.
  33.  
  34. -Note: Arg  and  Lys  are  most  frequently  found in the last position of the
  35.  hexapeptide; other amino acids are found in only a few cases.
  36.  
  37. -Last update: June 1994 / Text revised.
  38.  
  39. [ 1] McGinnis W., Krumlauf R.
  40.      Cell 68:283-302(1992).
  41. [ 2] Scott M.P.
  42.      Cell 71:551-553(1992).
  43.